Το Νέο Μεξικό είναι ένας από τους μεγαλύτερους παραγωγούς πιπεριάς τσίλι (Capsicum spp.) στις Ηνωμένες Πολιτείες, με 51,000 τόνους παραγωγής το 2021 από μια έκταση 8500 στρεμμάτων με μέση παραγωγικότητα 6 τόνους/στρέμματα σύμφωνα με το Εθνικό Υπουργείο Γεωργίας των ΗΠΑ. Υπηρεσία Γεωργικής Στατιστικής. Η μέση παραγωγικότητα μειώθηκε κατά 25% καθώς η έκταση που φυτεύτηκε για την παραγωγή πιπεριάς τσίλι παρέμεινε η ίδια. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα τη μείωση της οικονομικής δραστηριότητας κατά σχεδόν 10% το 2020 σε σύγκριση με το προηγούμενο έτος, από 50.1 εκατομμύρια δολάρια σε 44.9 εκατομμύρια δολάρια. Αυτή η σημαντική μείωση της συνολικής παραγωγής πιπεριάς τσίλι στην πολιτεία ώθησε τους επιστήμονες σε νέες προσπάθειες εκσυγχρονισμού με στόχο την επιτάχυνση του γενετικού κέρδους και τη βελτίωση της παραγωγικότητας στο πρόγραμμα NMSU Chile Pepper Breeding and Genetics, αξιολογώντας διαφορετικά χαρακτηριστικά που σχετίζονται με την απόδοση και το δυναμικό απόδοσης χρησιμοποιώντας υψηλή εργαλεία φαινοτύπου διεκπεραίωσης, όπως το Tomato Analyzer (TA).
Η αρχιτεκτονική των φρούτων και τα χαρακτηριστικά που σχετίζονται με τη μορφολογία είναι μεταξύ των καθοριστικών παραγόντων της ποικιλότητας των φρούτων και συμβάλλουν σημαντικά στην απόδοση και τη δυνατότητα απόδοσης στην πιπεριά τσίλι. Χρησιμοποιώντας το λογισμικό TA, οι επιστήμονες συνέλεξαν δεδομένα για ένα σύνολο χαρακτηριστικών φρούτων, όπως η περίμετρος του καρπού, οι δείκτες σχήματος, το μέγεθος και η ασυμμετρία σε μια συλλογή διαφορετικών γραμμών πιπεριάς τσίλι που αξιολογήθηκαν υπό συνθήκες καλλιέργειας στο Νέο Μεξικό.
Οι ερευνητές στόχευσαν να χαρακτηρίσουν 105 γονότυπους μιας ομάδας ποικιλότητας Capsicum που αποτελείται από ποικιλίες, γραμμές αναπαραγωγής, τοπικές φυλές και άγρια είδη που ανήκουν σε 12 διαφορετικούς τύπους λοβών (φρούτων), για 32 μορφομετρικούς περιγραφείς ΤΑ. Η ιεραρχική ανάλυση συστάδων ομαδοποίησε τους γονότυπους σε οκτώ ομάδες με βάση τους περιγραφείς ΤΑ. Οι βασικές μετρήσεις—δηλαδή, περίμετρος, περιοχή, πλάτος μέσο ύψος, μέγιστο πλάτος, ύψος μέσο πλάτος, μέγιστο ύψος, και το καμπύλο ύψος— ήταν οι πιο διακριτικοί περιγραφικοί δείκτες με μέγιστη συμβολή στο συνολικό σχήμα του καρπού.
Η χρησιμότητα των μορφομετρικών περιγραφέων ΤΑ, που είναι δύσκολο να μετρηθούν μέσω συμβατικού φαινοτύπου, καταδείχθηκε. Αρκετές ποικιλίες με επιθυμητό σχήμα και μορφολογία καρπού με βάση τις αναλύσεις συστάδων προτάθηκαν ως μητρικές γραμμές για υβριδισμό για τη βελτίωση της απόδοσης σε προγράμματα αναπαραγωγής πιπεριάς τσίλι. Τα αποτελέσματα που χρησιμοποιούν το TA για τη μέτρηση των χαρακτηριστικών που σχετίζονται με τα φρούτα θα παρέχουν μια βάση για μελέτη συσχέτισης σε ολόκληρο το γονιδίωμα και γονιδιωματική επιλογή για την απόδοση και τα χαρακτηριστικά που συμβάλλουν στην απόδοση στην πιπεριά Νέας Μεξικάνης τσίλι.